Les bâtiments conventuels
Organisation générale
La chapelle se trouve au centre de l'édifice et est entourée par les bâtiments conventuels. Dans la cour d'honneur, en plus de l'entrée dans la cour des externes à l'est, deux pavillons d'entrée permettent de recevoir les visiteurs : ce sont les parloirs. Ces derniers sont reliés par deux longues galeries à un ensemble de bâtiments autour de trois cloitres dans lesquels vivent les pensionnaires à gauche, les reigieuses à droite et, à l'origine, la reine au centre. L'ingéniosité de Mique est de créer des espaces autonomes permettant un quintuple flux (public extérieur, écolières externes, pensionnaires, religieuses, reine) sans pour autant que ces flux ne se rencontrent, ceci dû à la clôture dictée par les régles de la congrégation.
Les pavillons d'entrée
Chaque pavillon possède deux niveaux. An rez-de-chaussée, un parloir extérieur et un parloir intérieur permettent au visiteur et à la religieuse ou à la pensionnaire de converser tout en étant séparés par un guichet grillagé. Au même niveau, deux pièces séparant le tour, dans chaque pavillon, permettent les rentrées et sorties d'objet du couvent sans contact direct entre l'intérieur et l'extérieur de la clôture. A l'étage, desservi par obligatoirement deux escaliers distincts, on retrouve deux parloirs de chaque côté.
Les bâtiments autour des cloitres
Les galeries, au rez-de-chaussée, entièrement en pierre de taille et voûtées en briques recouvertes d'enduit clair, sont harmonieusement éclairées par les grandes baies vitrées qui à l'origine n'existaient pas. Elles donnent sur les jardins intérieurs des trois cloitres et sur la grande terrasse extérieure qui encercle l'ensemble des bâtiments.
Autour du cloitre des religieuse, au rez-de-chaussée se trouvent les pièces communautaires : ouvroir, réfectoire, cuisines, laverie, lingerie, pharmacie laboratoire, commodités, salle du chapitre et infirmerie. L'équivalent existe chez les pensionnaires, la pharmacie et l'infirmerie étant substituées par des salles de classe et de catéchisme. A l'étage, on trouve les 45 cellules des religieuses comportant chacune une fenêtre, et les dortoirs de 8 à 12 lits chez les pensionnaires. Une bibliothèqe et des roberies complètent ces pièces.
Le bâtiment central à trois étages était réservé à la reine. Au rez-de chaussée, deux appartements royaux donnent directement sur la terrasse (antichambre, chambre, garde-robe, oratoir). A l'étage, Mique crée des chambres pour les dames pensionnaires, veuves ou femmes seules désirant, comme la reine, se retirer près de la congrégation, loin de la Cour et du château. La reine mourrant avant la fin des travaux et le porjet des dames pensionnaires ayant échoué, les bâtiments correspondant seront affectés à de nouveaux dortoirs pour les pensionnaires, le couvent étant victime de son succès. Le dernier étage est dévolu au noviciat, à la fois des soeurs de choeur et des soeurs converses.
Côté jardins, la très belle façade rend compte de la parfaite symétrie de l'ensemble. Le pavillon central a trois étages sépare les bâtiments des religieuses sur la gauche de ceux des pensionnaires sur la droite. La reine possèdait à l'origine un jardin prévé central. De multiples arbres fruitiers et d'ornement étaient cultivés dans les parterres d'un jardin à la française comportant 5 pièces d'eau. Une basse cour se trouvait en retrait sur la gauche, côté religieuses. Les 80 pensionnaires avaient un bel espace de récréation sur la droite.
Autour de la chapelle
Depuis leur étage, les religieuses ont accès directement, en empruntant un escalier, à leur avant-choeur. Celui-ci se trouve à la même altitude que la chapelle, à mis hauteur entre le rez-de-chaussée et le premier étage. Il communique avec une sacristie intérieure dans laquelle sont rangés les objets de culte. Celle-ci se trouve derrière la sacristie exérieure située à l'arrière du choeur de la chapelle. On retrouve entre les deux sacristies un système de tours et de guichets séparant physiquement les religieuses et le prètre. L'organisation est similaire côté pensionnaire.
Depuis leur avant-choeur, les religieuses peuvent pénétrer dans leur choeur. C'est une vaste rotonde circulaire sur le mur de laquelle sont disposées les 45 stalles des soeurs de choeur et converses. Une grande grille en fer forgé les sépare du sanctuaire dans l'église. Une petite porte, dans cette grille, permet de faire passer les osties au moment de la communion. La simplictié de la décoration du lieu, sans ostentation, n'en affecte pour autant pas le travail minutieux de menuiserie des baies en arc de cercle afin d'épouser la forme cylindrique des murs de la pièce.
L'équivalent se retrouve au sud, côté pensionnaires. Les jeunes filles s'assayaient elles sur un banc circulaire adossé à des boiseries en chène toujours en place. La reine devait passer par ce choeur pour rejoindre la tribune qui lui était dédiée dans l'axe de la chapelle, via un petit escalier dérobé, dans la maçonnerie.